L’Istituto, per poter perseguire i propri scopi statutari, si avvale di una struttura organizzativa particolarmente complessa ed articolata, composta da diversi organi, sia di carattere consultivo che deliberativo.
Gli organi dell’Istituto (Presidente, Consiglio di Amministrazione, Comitato tecnico-scientifico e Collegio dei sindaci) sono nominati con apposito Decreto del Ministro dello Sviluppo Economico (nel caso della nomina del Presidente vengono sentite anche le Associazioni Nazionali riconosciute del movimento cooperativo) e sono così articolati:
il Consiglio di amministrazione, di nomina ministeriale, è composto dai rappresentanti del mondo cooperativo che si sono distinti per la loro spiccata sensibilità ed attitudine alla promozione culturale della cooperazione ed al suo interno è prevista la rappresentanza del Ministro dello Sviluppo Economico. Il Consiglio si riunisce di norma ogni due mesi per definire i programmi di attività dell'Istituto e curarne l'esecuzione oltre che deliberare sul bilancio preventivo e consuntivo dell'Istituto. In merito all'attività di formazione promossa dall'Istituto, i membri del Consiglio approvano l'impianto didattico predisposto dal Comitato tecnico scientifico e curano i collegamenti con le Centrali cooperative, al fine di garantire la presenza di esperti e di testimonianze del movimento cooperativo riconosciuto.
il Comitato tecnico-scientifico è composto da cinque docenti ordinari in discipline economiche, giuridiche e sociologiche, distintisi per studi in materia di cooperazione e di economia sociale. Compongono il Comitato tecnico scientifico del Luzzatti studiosi del fenomeno cooperativo da sempre impegnati, nella loro attività di ricerca, ad approfondire i vantaggi comparati della formula cooperativa e ad individuare nuovi ambiti di sviluppo e di innovazione per le imprese mutualistiche.
Il Comitato esprime parere consultivo sulle iniziative più rilevanti dell’Istituto e contribuisce, annualmente, a determinarne l’indirizzo scientifico e didattico dei programmi di attività da perseguire. Inoltre, esso costituisce l'organo di riferimento per valutare l'assegnazione dei premi alle tesi di laurea e degli assegni di ricerca posti a concorso ogni anno dal Luzzatti ed è, inoltre, l'organo di riferimento scientifico per la Redazione della Rivista della cooperazione, svolgendo attività di supervisione generale sull'impostazione dei numeri e di controllo specifico della validità dei contributi pubblicati al suo interno.
Il Comitato, infine, svolge un ruolo specifico di supervisione e di controllo dei piani didattici predisposti per l'attività di formazione, nonché di valutazione della qualità delle docenze impartite nei corsi gestiti dall’Istituto.
Sul piano delle consulenze scientifiche è importante rilevare che l’Istituto si avvale, oltre che del lavoro prestato dai membri del proprio Comitato tecnico-scientifico, anche della collaborazione di diversi altri docenti e ricercatori, collegati alla rete di studiosi del fenomeno cooperativo costituita nel tempo dal Luzzatti attraverso le attività promosse dall'Istituto in sinergia con il mondo universitario. Svolgono una funzione di supporto per l’Istituto, sul terreno scientifico e su quello conoscitivo in merito allo sviluppo e agli indirizzi in materia di cooperazione, anche numerosi esperti operanti in seno alle Associazioni nazionali di rappresentanza, assistenza e tutela del movimento cooperativo legalmente riconosciute, nonché del Ministero dello Sviluppo Economico.
il Collegio sindacale è composto da tre membri nominati con Decreto Ministeriale: un rappresentante del Ministero dello Sviluppo Economico (Presidente), un rappresentante del Consiglio dei Ministri (membro) e un rappresentante del Ministero del Tesoro (membro).
